SARS-CoV-2: strach kontra suche dane z krajów OECD

Źródło: Int J Antimicrob Agents. 2020 Mar 19:105947.  SARS-CoV-2: fear versus data
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0924857920300972

  • Porównanie częstości występowania i śmiertelności czterech popularnych koronawirusów krążących we Francji z SARS-COV-2 w krajach OECD [Organizacja Współpracy Gospodarczej i Rozwoju.
  • Na dzień 2 marca 2020 roku 90.307 pacjentów miało pozytywny wynik testu na SARS-CoV-2 na całym świecie, z 3086 zgonami (śmiertelność 3,4%).
  • Na dzień 2 marca 2020 roku w krajach OECD 7476 pacjentów uzyskało wynik dodatni na SARS-CoV-2, przy 96 zgonach (śmiertelność 1,3%)
  • Na dzień 2 marca 2020 roku we Francji 191 osób uzyskało wynik dodatni na SARS-CoV-2, przy trzech zgonach (śmiertelność 1,6%).
  • W krajach OECD, śmiertelność z powodu SARS-CoV-2 (1,3%) nie różni się znacząco od częstości zgonów z powodu innych koronawirusów zidentyfikowanych w badanym szpitalu we Francji (0,8%; P = 0,11).
  • Problem SARS-CoV-2 jest prawdopodobnie przeceniany, ponieważ 2,6 miliona ludzi umiera każdego roku z powodu infekcji dróg oddechowych w porównaniu z mniej niż 4000 zgonów z powodu SARS-CoV-2 w momencie pisania tego artykułu.

 

SARS-CoV-2 - strach kontra suche dane z krajów OECD

SARS-CoV-2 – strach kontra suche dane

Abstrakt:

SARS-CoV-2, nowy koronawirus z Chin, rozprzestrzenia się na całym świecie, wywołując przy tym ogromną reakcję pomimo jego niskiej częstości występowania poza Chinami i Dalekim Wschodem. Cztery popularne koronawirusy występują w obiegu i powodują miliony przypadków zachorowań na całym świecie. W tym artykule porównano zapadalność i śmiertelność z powodu tych czterech powszechnych koronawirusów z SARS-COV-2 w krajach Organizacji Współpracy Gospodarczej i Rozwoju [OECD]. Stwierdzono, że problem SARS-CoV-2 jest prawdopodobnie przeceniany, ponieważ 2,6 miliona ludzi umiera z powodu infekcji dróg oddechowych każdego roku w porównaniu z mniej niż 4000 zgonów z powodu SARS-CoV-2 w momencie pisania tej publikacji.

SARS-CoV-2: strach kontra suche dane

1.Wprowadzenie

 

Coronaviridae stanowią bardzo ważną rodzinę wirusów zwierzęcych i ludzkich [1,2], które są w stałym obiegu. Cztery powszechne ludzkie koronawirusy (HKU1, NL63, OC43 i E229) powodują 10–20% wszystkich zakażeń dróg oddechowych na całym świecie i są obecne na wszystkich kontynentach[3], [4], [5], [6], [7], [8 ], [9], [10], [11], [12], [13], [14] (Tabela 1). Śmiertelność jest słabo oszacowana, ale oczywistym jest, że istnieją zarówno nosiciele przewlekli, jak i nosiciele bezobjawowi. Badania wykazały, że istnieje tyle samo bezobjawowych nosicieli, jak pacjentów z objawami[3,9].

Zgłoszono trzy epizody epidemii pojawiających się koronawirusów. Pierwszy wirus to zespół ostrej ciężkiej niewydolności oddechowej (SARS) miał bardzo niewielki wpływ na ogólnoświatową zachorowalność i śmiertelność, z ponad 8000 rozpoznanych przypadków i 774 zgony[15,16].

Drugi, bliskowschodni zespół oddechowy (MERS)-koronawirus, pozostał zlokalizowany w Arabii Saudyjskiej, z niewielką epidemią głównie zakażeń szpitalnych w Korei Południowej [17]. Koronawirus MERS, podobnie jak SARS, zwrócił uwagę głównie na niebezpieczeństwo przenoszenia w warunkach szpitalnych na personel medyczny, którego zdrowie jest niezbędne w tych epidemiach[18].

Wreszcie SARS-CoV-2, nowy koronawirus, który pojawił się w grudniu 2019 roku, rozprzestrzenił się i dotknął ponad 90.000 osób na całym świecie[2, 19, 20]. W momencie pisania tego tekstu znaczna liczba przypadków zachorowań miała miejsce na Dalekim Wschodzie. Niezaprzeczalnym jest fakt że wirus jest  zaraźliwy, ponieważ quasi-eksperymentalne badanie na statku wycieczkowym Diamond Princess wykazało, że zamknięcie zarażonych pacjentów z niezainfekowanymi osobami spowodowało szybką infekcję niezainfekowanych osób, co doprowadziło do 700 dodatkowych przypadków zachorowań na pokładzie tego statku[21]. Jednak koronawirusy dominują we wspólnym obiegu wirusów ze względu na ich globalną dostępność i ich nieistotny wskaźnik śmiertelności[14,22]. Celem tego badania była wymiana doświadczeń z laboratorium referencyjnego, reprezentującego około 1% poważnych i zdiagnozowanych infekcji dróg oddechowych, szczególnie sezonowych, we Francji. Umożliwi to ocenę względnej śmiertelności w powodu różnych ludzkich koronawirusów występujących w szpitalach w Marsylii w porównaniu z SARS-CoV-2.

Tabela 1. Badania podczas których testowano obecność koronawirusa u pacjentów z gorączką w różnych krajach

Pierwszy autor [numer odnośnika] Kraj Ilość przetestowanych przypadków (n) Diagnoza koronawirusa
Trombetta [7]      Brazylia                   775  7,6%
Zhang [10]          Guangzou, Chiny    13048  244 (2,25%)
Zeng [11]            Guangzou, Chiny    11399   489 (4,3%)
Killerby [14]        USA                        18.806  2,2%
Kiyuka [13]         Kenia                       5573  10,1%
Owusu [9]          Ghana                      593 przypadki  13,7%
Dube                 Południowa Afryka   620 gr. kontr.  10,5%
214 (gruźlica)  8%
Sipulwa [12]       Kenia                        417     8,4%
Subramoney     R.P.A.                        860    4,8%
Nunes               Południowa Afryka   1026   15%
Le-Viet [3]          Wietnam                   378     4(1,05%)

2. Materiały i metody

 

Assistance Publique-Hôpitaux de Marseille (AP-HM) obejmuje wszystkie szpitale publiczne w Marsylii, w tym cztery szpitale uniwersyteckie: La Timone Hospital, Conception Hospital, North Hospital i South Hospital; odpowiada to ilości 3400 łóżek i 125.000 przyjęć rocznie[23]. Laboratorium diagnostyczne zajmujące się zakażeniami IHU Méditerranée Infection testuje wszystkie próbki z AP-HM, w których podejrzewa się wirusy oddechowe. W diagnozowaniu stosują biologie molekularną. Wyniki są monitorowane przez cotygodniowy automatyczny system nadzoru w laboratorium diagnostycznym w połączeniu z laboratoryjnym systemem informacyjnym (Nexlabs)[23]. Dane epidemiologiczne dotyczące SARS-CoV-2 uzyskano za pośrednictwem platformy internetowej gromadzącej dane z agencji publicznych[24]. Analizy statystyczne przeprowadzono za pomocą oprogramowania BiostatGV.

3. Wyniki

 

W 2016 roku we Francji odnotowano 594.000 zgonów; 59,2% tych zgonów miało miejsce w placówkach opieki[25]. W tym samym roku AP-HM zgłosiło 2854 zgony. W związku z tym można oszacować, że około 0,8% zgonów w placówkach opiekuńczych we Francji zmarło w szpitalach AP-HM. Szacunki te przybliżają liczbę osób dotkniętych patogenem we Francji w zależności od liczby osób zmarłych każdego roku w szpitalach AP-HM.

Od 1 stycznia 2013 roku do 31 grudnia 2019 roku laboratorium diagnostyczne IHU Méditerranée Infection przetestowało 21.662 próbek. Wśród nich 770 próbek dało wynik pozytywny na koronawirus, z ośmioma zgonami (śmiertelność 1%). Spośród zidentyfikowanych koronawirusów 63 zidentyfikowano jako HKU1 (jedna zgon, śmiertelność 1,6%), 74 zidentyfikowano jako NL63 (dwa zgony, śmiertelność 2,7%), 92 zidentyfikowano jako E229 (jeden zgon, śmiertelność 1,1%) i 160 zidentyfikowano jako OC43 (cztery zgony, śmiertelność 2,5%). Trzysta osiemdziesiąt jeden koronawirusów, zdiagnozowanych przed 2017 roku, nie zostało przypisanych do żadnego z tych czterech szczepów (Tabela 2).

Tabela 2. Wyniki z laboratorium diagnostycznego Assistance Publique-Hôpitaux de Marseille (AP-HM)

Patogen, Lokalizacja, Potwierdzone przypadki (n), Zgony (n), Wskaźnik śmiertelności (%)

Coronavirusa[a]  AP-HM, Marsylia, Francja

Koronawirus OC43   160  4    0,0250
Coronavirus NL63     74   2    0,0270
Koronawirus HKU1    63   1    0,0159
Koronawirus E229     92   1    0,0109

Coronavirus[b]   AP-HM, Marsylia, Francja

Koronawirus OC43     77    1   0,0130
Coronavirus NL63      146   0  0
Koronawirus HKU1     277  1   0,0036
Koronawirus E229      43    0   0

[a] Od 1 stycznia 2013 r. Do 31 grudnia 2019 r.
[b] Od 1 stycznia 2020 r. Do 2 marca 2020 r.

Systematyczne testy (biologia molekularna) na SARS-CoV-2 przeprowadzono od 1 stycznia 2020 roku do 2 marca 2020 roku. W sumie laboratorium diagnostyczne IHU Méditerranée Infection przetestowało 7059 próbek od pacjentów z objawami zakaźnymi. Wśród nich 543 próbki dały wynik pozytywny na koronawirusy, przy dwóch zgonach (wskaźnik śmiertelności 0,36%): 277 próbek było pozytywnych na HKU1, 146 próbek było pozytywnych na NL63, 77 próbek było pozytywnych na OC43, a 43 próbek było 229E. Wśród tych próbek nie zidentyfikowano przypadków SARS-CoV-2. Z tych dwóch zgonów, jeden pacjent miał koronowirusa OC43 (śmiertelność 1,3%), a jeden pacjent miał koronowirusa HKU1 (śmiertelność 0,36%). W tym okresie nie było zgonów z powodu NL63 lub E229.

W tym samym okresie jednostka IHU Méditerranée Infection była regionalnym centrum wykrywania nowego koronawirusa SARS-CoV-2. W chwili pisania tego tekstu przeprowadzono 596 analiz podejrzanych przypadków od pojawienia się nowego patogenu, z których zidentyfikowano cztery przypadki SARS-CoV-2. Ponadto przebadano 709 obywateli francuskich powracających z prowincji Hubei, z których wszystkie były negatywne pod względem SARS-CoV-2.

Do dnia 2 marca 2020 roku ogółem 90.307 pacjentów uzyskało pozytywny wynik testu na SARS-CoV-2 na całym świecie, z 3086 zgonami (śmiertelność 3,4%). Wśród krajów Organizacji Współpracy Gospodarczej i Rozwoju (OECD) 7476 pacjentów uzyskało wynik pozytywny na SARS-CoV-2, przy 96 zgonach (wskaźnik umieralności 1,3%) (Tabela 3). We Francji 191 osób uzyskało wynik pozytywny na SARS-CoV-2, przy trzech zgonach (śmiertelność 1,6%).

Tabela 3. Międzynarodowa sytuacja epidemiologiczna SARS-CoV-2 (Organizacja ds. Współpracy Gospodarczej i Rozwoju), 3 marca 2020 roku.

Państwa, Potwierdzone przypadki (n),  Zgony (n),  Wskaźnik śmiertelności (%)
Niemcy                   157  0    0,0
Australia                 30    1   3.3
Austria                   18    0   0,0
Belgia                      8     0   0,0
Kanada                   24    0   0,0
Korea Południowa  4335  28  0,6
Dania                      4    0   0,0
Hiszpania              123  0 0,0
Estonia                   1    0    0,0
USA                     100   6   6.0
Finlandia                7    0   0,0
Francja                 191  3   1.6
Grecja                    7     0   0,0
Irlandia                  1     0    0,0
Islandia                 3      0    0,0
Izrael                   10     0    0,0
Włochy               2036  52  2.6
Japonia                274   6    2.2
Łotwa                    1      0     0,0
Litwa                     1      0     0,0
Luksemburg         1    0    0,0
Meksyk                5     0     0,0
Norwegia             25   0    0,0
Nowa Zelandia    1    0   0,0
Holandia            18    0    0,0
Portugalia            2    0     0,0
Szwecja             15    0     0,0
Szwajcaria          38   0      0,0
UK                      40    0   0,0

Łącznie      7476   96    1.3

W badaniu tym porównano śmiertelność SARS-CoV-2 w krajach OECD (1,3%) ze wskaźnikiem śmiertelności z powodu powszechnych koronawirusów zidentyfikowanych u pacjentów hospitalizowanych w AP-HM (0,8%) od 1 stycznia 2013 roku do 2 marca 2020 roku. Wykonano test chi-kwadrat, a wartość P wynosiła 0,11 (nieznaczna).

4. Dyskusja

 

Badanie to wykazało, że śmiertelność z powodu powszechnych zakażeń koronawirusem wynosi we Francji 0,8%. Dla porównania wskaźnik śmiertelności z powodu SARS-CoV-2 w krajach rozwiniętych w Europie lub Ameryce o porównywalnych poziomach ekonomicznych wynosi 1,3% (Tabela 3).

Jeśli ekstrapolacja zgonów w szpitalach AP-HM jest prawidłowa, w metropolitalnej Francji byłoby to 543/0,8 * 100 = 67.875 przypadków pacjentów hospitalizowanych z powodu infekcji dróg oddechowych powszechnymi koronawirusami w ciągu 2 miesięcy, co stanowi prawie tyle samo przypadków SARS-CoV-2 na całym świecie. W rzeczywistości śmiertelność z powodu infekcji dróg oddechowych jest niezwykle zależna od jakości opieki i dostępu do opieki, a ciężkie postacie mają lepsze rokowanie w krajach o lepszej infrastrukturze medycznej.

W tych warunkach wydaje się, że nie ma istotnej różnicy między śmiertelnością z powodu SARS-CoV-2 w krajach OECD a powszechnie występującymi koronawirusami (test χ2 (chi-kwadrat), P = 0,11). Oczywiście główną wadą tego badania jest to, że nie ustalono odsetka zgonów związanych z wirusem, ale dotyczy to wszystkich badań w których zgłaszane są zakażenia wirusem układu oddechowego, w tym SARS-CoV-2. Rzeczywiście, infekcje wirusowe są infekcjami ekosystemowymi, których wynik zależy od inokulum i otaczającej mikroflory[26].

Zatem niektóre bakterie wydają się być związane z objawowymi objawami, takimi jak Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae i Staphylococcus aureus, o których wiadomo, że powodują nadmierną śmiertelność z powodu wtórnej infekcji. Wreszcie, czynniki sezonowe, położenie geograficzne, ciepło i wilgotność to czynniki współistniejące, podobnie jak wiek, płeć i związane z nimi patologie. W tych warunkach, a wszystkie inne czynniki są równe, infekcja SARS-CoV-2 nie może być opisana jako statystycznie cięższa niż infekcja innymi koronawirusami, które powszechnie krążą w otoczeniu.
Wreszcie w krajach OECD wirus SARS-CoV-2 nie wydaje się bardziej zabójczy niż inne krążące wirusy. Oprócz koronawirusów w krajach rozwiniętych powszechnie występuje 16 wirusów endemicznych (adenowirus, bakawirus, wirus cytomegalii, enterowirus, wirus grypy A H1N1, wirus grypy A H3N2, wirus grypy B, metapneumowirus, wirus paragrypy 1, wirus paragrypy 2, wirus paragrypy 3, wirus paragrypy 4, parechowirus, pikornawirus, rinowirus, syncytialny wirus oddechowy), i 2,6 miliona zgonów z powodu infekcji dróg oddechowych (z wyłączeniem gruźlicy) rocznie odnotowano w ostatnich latach na całym świecie[27]. Istnieje niewielkie prawdopodobieństwo, że pojawienie się SARS-CoV-2 mogłoby znacząco zmienić tę statystykę. Strach może mieć większy wpływ niż sam wirus; przypadek samobójstwa motywowanego strachem przed SARS-COV-2 odnotowano w Indiach[28]. Ponadto koronawirusy, które rzadko są systematycznie testowane na całym świecie, mogą utrzymywać się w gardle osób bezobjawowych, stanowiąc potencjalne źródło odporności populacji [29].

Ponadto należy zauważyć, że systematyczne badania innych koronawirusów (ale jeszcze nie dla SARS-CoV-2) wykazały, że odsetek bezobjawowych nosicieli jest równy lub nawet wyższy niż odsetek pacjentów z objawami. Te same dane dla SARS-CoV-2 mogą wkrótce być dostępne, co dodatkowo zmniejszy względne ryzyko związane z tą specyficzną patologią.

 

Zobacz na: Dlaczego tak wielu pacjentów z koronawirusem zmarło we Włoszech?
We Włoszech 99% osób, które zmarły na koronawirusa, miało inną chorobę
Korea Południowa przetestowała 140.000 osób na obecność koronawirusa Covid-19. Śmiertelność z powodu COVID-19 poniżej 1%
Dane z Chin pokazują, że większość osób z Covid-19 ma tylko łagodne objawy, a następnie wraca do zdrowia.

 

Przypisy:

[1] KK To, IF Hung, JF Chan, KY Yuen, From SARS coronavirus to novel animal and human coronaviruses
J Thorac Dis, 5 (Suppl. 2) (2013), pp. S103-S108
[2] Z Wu, JM. McGoogan, Characteristics of and important lessons from the coronavirus disease 2019 (COVID-19) outbreak in China: summary of a report of 72 314 cases from the Chinese Center for Disease Control and Prevention [published online ahead of print, 24 February 2020]
JAMA (2020), 10.1001/jama.2020.2648
[3] N Le-Viet, VN Le, H Chung, et al. Prospective case–control analysis of the aetiologies of acute undifferentiated fever in Vietnam
Emerg Microbes Infect, 8 (2019), pp. 339-352
[4] J Hand, EB Rose, A Salinas, et al. Severe respiratory illness outbreak associated with human coronavirus NL63 in a long-term care facility
Emerg Infect Dis, 24 (2018), pp. 1964-1966
[5] D Vandroux, N Allou, J Jabot, et al. Intensive care admission for coronavirus OC43 respiratory tract infections
Med Mal Infect, 48 (2018), pp. 141-144
ArticleDownload PDFView Record in ScopusGoogle Scholar
[6] A Kanwar, S Selvaraju, F Esper, Human coronavirus-HKU1 infection among adults in Cleveland
Ohio. Open Forum Infect Dis, 4 (2017) ofx052
[7] H Trombetta, HZ Faggion, J Leotte, MB Nogueira, LR Vidal, SM Raboni
Human coronavirus and severe acute respiratory infection in Southern Brazil
Pathog Glob Health, 110 (2016), pp. 113-118
[8] SK Lau, PC Woo, CC Yip, et al. Coronavirus HKU1 and other coronavirus infections in Hong Kong
J Clin Microbiol, 44 (2006), pp. 2063-2071
[9] M Owusu, A Annan, VM Corman, et al. Human coronaviruses associated with upper respiratory tract infections in three rural areas of Ghana
PLoS One, 9 (2014), p. e99782
[10] SF Zhang, JL Tuo, XB Huang, et al. Epidemiology characteristics of human coronaviruses in patients with respiratory infection symptoms and phylogenetic analysis of HCoV-OC43 during 2010–2015 in Guangzhou
PLoS One, 13 (2018), Article e0191789
[11] ZQ Zeng, DH Chen, WP Tan, et al. Epidemiology and clinical characteristics of human coronaviruses OC43, 229E, NL63, and HKU1: a study of hospitalized children with acute respiratory tract infection in Guangzhou
China. Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 37 (2018), pp. 363-369
[12] LA Sipulwa, JR Ongus, RL Coldren, WD Bulimo, Molecular characterization of human coronaviruses and their circulation dynamics in Kenya, 2009–2012
Virol J, 13 (2016), p. 18
[13] PK Kiyuka, CN Agoti, PK Munywoki, et al. Human coronavirus NL63 molecular epidemiology and evolutionary patterns in rural coastal Kenya
J Infect Dis, 217 (2018), pp. 1728-1739
[14] ME Killerby, HM Biggs, A Haynes, et al. Human coronavirus circulation in the United States 2014–2017
J Clin Virol, 101 (2018), pp. 52-56
[15] JS Peiris, KY Yuen, AD Osterhaus, K Stöhr, The severe acute respiratory syndrome
N Engl J Med, 349 (2003), pp. 2431-2441
[16] E de Wit, N van Doremalen, D Falzarano, VJ Munster, SARS and MERS: recent insights into emerging coronaviruses
Nat Rev Microbiol, 14 (2016), pp. 523-534
[17] AM Zaki, S van Boheemen, TM Bestebroer, AD Osterhaus, RA Fouchier, Isolation of a novel coronavirus from a man with pneumonia in Saudi Arabia [published correction appears in N Engl J Med 2013;369:394]
N Engl J Med, 367 (2012), pp. 1814-1820
[18] DS Hui, EI Azhar, YJ Kim, ZA Memish, MD Oh, A Zumla
Middle East respiratory syndrome coronavirus: risk factors and determinants of primary, household, and nosocomial transmission
Lancet Infect Dis, 18 (2018), pp. e217-e227
ArticleDownload PDFView Record in ScopusGoogle Scholar
[19] World Health Organization, Coronavirus disease (COVID-19) outbreak, . Geneva, WHO (2020)
Available at: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019 [accessed 4 March 2020]
[20] Novel Coronavirus Pneumonia Emergency Response Epidemiology Team. Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi2020;41:145–51.
[21] J Rocklöv, H Sjödin, A Wilder-Smith, COVID-19 outbreak on the Diamond Princess cruise ship: estimating the epidemic potential and effectiveness of public health countermeasures [published online ahead of print, 28 February 2020]
J Travel Med (2020) taaa030
[22]A Gagneur, S Vallet, PJ Talbot, et al. Outbreaks of human coronavirus in a pediatric and neonatal intensive care unit
Eur J Pediatr, 167 (2008), pp. 1427-1434
[23]C Abat, H Chaudet, P Colson, JM Rolain, D Raoult, Real-time microbiology laboratory surveillance system to detect abnormal events and emerging infections, Marseille, France, Emerg Infect Dis, 21 (2015), pp. 1302-1310
[24] https://docs.google.com/spreadsheets/d/1f3LGuqwzegr7ZdGlzPOCDAyFk8RTaLTmMLF_K_5EVCc/edit#gid=783518927[accessed 3 March 2020].
[25] Institut national de la statistique et des études économiques. 594 000 personnes décédées en France en 2016, pour un quart d’entre elles à leur domicile. INSEE FOCUS, N°95, 2017. Available at:https://www.insee.fr/fr/statistiques/3134763
[26] S Edouard, M Million, D Bachar, et al. The nasopharyngeal microbiota in patients with viral respiratory tract infections is enriched in bacterial pathogens
Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 37 (2018), pp. 1725-1733
[27] GBD 2017 Mortality Collaborators, Global, regional, and national age-sex-specific mortality and life expectancy, 1950–2017: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2017 [published correction appears in Lancet 2019;393:e44]
Lancet, 392 (2018), pp. 1684-1735
[28] K Goyal, P Chauhan, K Chhikara, P Gupta, MP Singh
Fear of COVID 2019: first suicidal case in India! Asian, J Psychiatr, 49 (2020), Article 101989
[29] Raoult D, Zumla A, Locatelli F, et al. Coronavirus infections: epidemiological, clinical and immunological features and hypotheses. Cell Stress, in press [published online ahead of print, 24 February 2020].

Pin It on Pinterest

Share This

Share this post with your friends!

%d bloggers like this: