Ludzki wirom – Wirom człowieka
Ludzki wirom jest całkowitym zbiorem wirusów w i na ludzkim ciele. Wirusy w ludzkim ciele mogą infekować zarówno ludzkie komórki, jak i inne drobnoustroje, takie jak bakterie (bakteriofagi). Niektóre wirusy powodują choroby, podczas gdy inne mogą bytować bezobjawowo. Niektóre wirusy są również zintegrowane z ludzkim genomem jako prowirusy lub endogenne elementy wirusowe.
Ludzki wirom
Ludzki wirom jest unikalny dla każdego osobnika i obejmuje wiele wirusów, w tym wcześniej niescharakteryzowanych bakteriofagów, które mogą odgrywać rolę obronną przeciwko patogenom (Minot i in., 2013)
DNA zbioru wirusów we krwi 8000 osób
“Scharakteryzowanie zbioru wirusów [wiromu człowieka] we krwi jest istotne z punktu widzenia bezpieczeństwa produktów krwiopochodnych do transfuzji oraz identyfikacji nowych patogenów. Odkryliśmy sekwencję danych pochodzenia innego niż ludzkie przy sekwencjonowaniu całych genomów we krwi pobranej od 8240 osób, z których u żadnej nie stwierdzono infekcji zakaźnej. Sekwencje wirusowe pobrano z liczby odczytów sekwencji, które nie mapowały do referencyjnego genomu człowieka. Analizy przefiltrowano przez prawie 1 petabajt danych sekwencyjnych i wykonano 0,5 biliona wyszukiwań podobieństwa. Przy dolnej granicy identyfikacji 2 genomów wirusowych/100 000 komórek, zmapowaliśmy sekwencje do 94 różnych wirusów, łącznie z sekwencjami DNA 19 ludzkich wirusów, prowirusów i RNA wirusów (herpeswirusów, anellovirdae, wirusów brodawczaka, trzech poliomawirusów, adenowirusa, HIV, HTLV, WZW B, WZW C, parwowirusa B19 i wirusa grypy) u 42% uczestników badania. Pod względem potencjalnego znaczenia dla medycyny transfuzyjnej, oznaczyliśmy poliomawirus komórek Merkel u 49 osób, papillomawirus we krwi 13 osób, parwowirus B19 u 6 osób oraz obecność herpeswirusa 8 u 3 osób. Zaskakująca była obecność sekwencji DNA z dwóch RNA wirusów: wirus WZW C ujawnia zdarzenie integracyjne, a sekwencja wirusa grypy była wynikiem szczepienia szczepionką DNA.
Wiek, płeć i pochodzenie miały istotne znaczenie w częstotliwości występowania infekcji. Pozostałe 75 wirusów w większości wykazywało rozległe zanieczyszczenie odczynnikami komercyjnymi i pochodzącymi ze środowiska. Takie problemy techniczne stanowią poważne wyzwanie dla identyfikacji nowych ludzkich patogenów. Rosnąca dostępność całej sekwencji ludzkiego genomu przyczyni się do znacznych ilości danych dotyczących składu normalnego i patogenicznego zbioru wirusów [wiromu człowieka] w ludzkiej krwi. Wyzwanie stanowi odróżnienie wirusów zanieczyszczających od prawdziwych ludzkich wirusów.” – Front Immunol. 2018; 9: 1568. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28328962/