Mam pozytywny test na koronawirusa. Może nie powinien być pozytywny.
New York Times wskazuje powołując się na badania testów RT-PCR, że laboratoria w USA używają w swoich termocklerach liczby cykli Ct =37 i 40. Przy takiej liczbie Ct większość wyników pozytywnych w USA może być fałszywa, czyli że większość tych którzy uzyskali wynik pozytywny, mogła nie mieć w ogóle infekcji wirusem SARS-CoV-2.
Jak dokładne są testy na COVID? – dr Sebastian Rushworth
PCR-yzm czyli współczesny łysenkizm – prof. dr hab. Roman Zieliński
Testy PCR na COVID-19 z naukowego punktu widzenia są pozbawione sensu – Torsten Engelbrecht i Konstantin Demeter
Zwykłe testy diagnostyczne mogą być po prostu zbyt czułe i zbyt wolne, aby powstrzymać rozprzestrzenianie się wirusa.
Niektórzy z czołowych krajowych ekspertów w dziedzinie zdrowia publicznego wzbudzają nowy niepokój w niekończącej się debacie o testach na koronawirusy w Stanach Zjednoczonych: Standardowe testy diagnozują ogromną liczbę osób, które mogą być nosicielami stosunkowo nieznacznych ilości wirusa.
Większość z tych osób prawdopodobnie nie jest zaraźliwa, a ich identyfikacja może przyczynić się do powstania wąskich gardeł, które uniemożliwiają znalezienie na czas tych, którzy są zaraźliwi. Ale naukowcy twierdzą, że rozwiązaniem nie jest testowanie mniej, lub pominięcie testowania osób bez objawów, jak ostatnio zasugerowano przez Centra Kontroli i Zapobiegania Chorób.
Zamiast tego, nowe dane podkreślają potrzebę bardziej powszechnego stosowania szybkich testów, nawet jeśli są one mniej wrażliwe.
“Decyzja o nie przeprowadzaniu testów na osobach bezobjawowych jest po prostu naprawdę wsteczna”, powiedział dr Michael Mina, epidemiolog z Harvard T.H. Chan School of Public Health, powołując się na rekomendację CDC.
“W rzeczywistości, powinniśmy zwiększać liczbę testów na różnych osobach”, powiedział, “ale musimy to zrobić za pomocą różnych mechanizmów”.
Co może być krokiem w tym kierunku, administracja Trump ogłosiła w czwartek, że zakupi 150 milionów szybkich testów.
Najszerzej stosowany test diagnostyczny dla nowego koronawirusa, zwany testem PCR, daje prostą odpowiedź “tak-nie” na pytanie, czy pacjent jest zakażony.
Jednak podobne testy PCR dla innych wirusów dają pewne wyobrażenie o tym, jak zaraźliwy może być zainfekowany pacjent: Wyniki mogą zawierać przybliżone oszacowanie ilości wirusa w organizmie pacjenta.
“Używamy jednego rodzaju danych do wszystkiego, a to tylko plus lub minus – to wszystko”, powiedział dr Mina. “Używamy tego do diagnostyki klinicznej, zdrowia publicznego, podejmowania decyzji politycznych.”
Ale tak-nie, nie jest wystarczająco dobre, dodaje. To ilość wirusa powinna dyktować kolejne kroki zainfekowanemu pacjentowi. “To naprawdę nieodpowiedzialne, jak sądzę, rezygnować z uznania, że jest to kwestia ilościowa”, powiedział dr Mina.
Test PCR wzmacnia materię genetyczną wirusa w cyklach; im mniej wymaganych cykli, tym większa ilość wirusa, czyli ładunku wirusowego, w próbce. Im większa ilość wirusów, tym większe prawdopodobieństwo zarażenia pacjenta.
Ta liczba cykli amplifikacji potrzebnych do znalezienia wirusa, nazywana progiem cyklu, nigdy nie jest uwzględniana w wynikach wysyłanych do lekarzy i pacjentów z koronawirusem, chociaż mogłaby im powiedzieć, jak bardzo zakaźni są pacjenci.
Mam pozytywny test na koronawirusa.
W trzech zestawach danych testowych, które obejmują progi cykli, zebranych przez urzędników w Massachusetts, Nowym Jorku i Nevadzie, aż 90 procent osób, które uzyskały wynik pozytywny, nie było nosicielami żadnego wirusa, jak wykazał The Times.
W czwartek Stany Zjednoczone odnotowały 45.604 nowych przypadków koronawirusa, według bazy danych prowadzonej przez The Times. Jeśli wskaźniki zarażenia w Massachusetts i Nowym Jorku miałyby obowiązywać w całym kraju, to być może tylko 4500 z tych osób będzie musiało faktycznie odizolować się i poddać się śledzeniu kontaktów.
Jednym z rozwiązań byłoby dostosowanie progu cyklu stosowanego przy podejmowaniu decyzji, że pacjent jest zakażony. Większość testów ustaliła limit na 40, kilka na 37. Oznacza to, że pacjent ma pozytywny wynik na obecność koronawirusa, jeśli proces badania wymagał do 40 cykli, lub 37, aby wykryć wirusa.
Testy z tak wysokim progiem mogą wykryć nie tylko żywego wirusa, ale także fragmenty genetyczne, pozostałości po zakażeniu, które nie stanowią szczególnego ryzyka – przypominają znalezienie włosa w pokoju długo po tym, jak dana osoba odeszła, powiedziała dr Mina.
Każdy test z progiem cyklu powyżej 35 jest zbyt czuły, zgodziła się Juliet Morrison, wirusolog z Uniwersytetu Kalifornijskiego w Riverside. “Jestem zszokowana, że ludzie pomyśleliby, że 40 może oznaczać wynik pozytywny”, powiedziała.
Bardziej rozsądna granica wynosiłaby 30 do 35, dodała. Dr Mina powiedziała, że ustawiłby tę liczbę na 30, albo nawet mniej. Te zmiany oznaczałyby, że ilość materiału genetycznego w próbce pacjenta musiałaby być 100-1000 razy większa niż w obecnym standardzie, aby uzyskać pozytywny wynik testu.
Agencja ds. Żywności i Leków [FDA] podała w oświadczeniu przesłanym pocztą elektroniczną, że nie określa zakresów progowych cyklu wykorzystywanych do określenia, kto jest pozytywny, oraz że “producenci komercyjni i laboratoria ustalają swoje własne”.
Centrum Kontroli i Prewencji Chorób stwierdziło, że badają stosowanie środków progowych cyklu “dla decyzji politycznych”. Agencja stwierdziła, że będzie musiała współpracować z FDA i z producentami urządzeń, aby zapewnić, że środki te “mogą być stosowane prawidłowo i z zapewnieniem, że wiemy, co one oznaczają”.
Z własnych obliczeń CDC wynika, że wykrycie żywego wirusa w próbce powyżej progu 33 cykli jest niezwykle trudne. Urzędnicy w niektórych państwowych laboratoriach stwierdzili, że CDC nie poprosił ich o zanotowanie wartości progowych ani o udostępnienie ich organizacjom zajmującym się śledzeniem kontaktów.
Na przykład, laboratorium państwowe w Północnej Karolinie używa testu koronawirusowego Thermo Fisher, który automatycznie klasyfikuje wyniki w oparciu o odcięcie 37 cykli. Rzeczniczka laboratorium stwierdziła, że testerzy nie mieli dostępu do dokładnych liczb.
Niektórzy eksperci twierdzą, że jest to ogromna, stracona szansa, aby dowiedzieć się więcej o tej chorobie.
“To po prostu coś, co mnie zastanawia, że ludzie nie rejestrują wartości C.T. z tych wszystkich testów – że po prostu zwracają wynik pozytywny lub negatywny”, powiedziała Angela Rasmussen, wirusolog z Uniwersytetu Columbia w Nowym Jorku.
„Przydatna byłaby informacja, czy ktoś kto jest pozytywny, ma wysokie, czy niskie miano wirusa” – dodała.
Urzędnicy Wadsworth Center, nowojorskiego laboratorium stanowego, mają dostęp do wartości C.T. z przetworzonych przez siebie testów, a na prośbę The Timesa analizowali ich numery. W lipcu laboratorium zidentyfikowało 794 testy z wynikiem pozytywnym, w oparciu o próg 40 cykli.
Przy progu 35, około połowa z tych testów nie kwalifikowałaby się już jako pozytywne. Około 70 procent nie byłoby już oceniane jako pozytywne, gdyby cykle były ograniczone do 30.
W Massachusetts, od 85 do 90 procent osób, które testowały pozytywnie w lipcu, przy progu 40 cykli, zostałoby uznanych za negatywne, gdyby próg wynosił 30 cykli, dr Mina powiedział. “Powiedziałbym, że żadna z tych osób nie powinna być śledzona, ani jedna”, powiedział.
Inni eksperci poinformowani o tych liczbach byli oszołomieni.
“Jestem naprawdę zszokowany, że może być tak wysoki – odsetek osób z wysokimi wynikami wartości C.T.,” powiedział dr Ashish Jha, dyrektor Harvard Global Health Institute. “Rany, czy to naprawdę zmienia sposób, w jaki musimy myśleć o testach.”
Dr. Jha powiedział, że myślał o teście PCR jako o problemie, ponieważ nie może on skalować się do ilości, częstotliwości czy prędkości potrzebnych testów. “Ale zdaję sobie sprawę, że naprawdę istotną częścią problemu jest to, że nawet nie testujemy ludzi, których musimy testować“, powiedział.
Liczba osób z pozytywnymi wynikami, które nie są zaraźliwe, jest szczególnie niepokojąca, powiedział Scott Becker, dyrektor wykonawczy Stowarzyszenia Laboratoriów Zdrowia Publicznego. “To mnie bardzo martwi, tylko dlatego, że jest tak wysoka” – powiedział, dodając, że organizacja zamierzała spotkać się z dr Miną, aby omówić tę kwestię.
F.D.A. zauważyło, że ludzie mogą mieć niską miano wirusa, gdy są świeżo zarażeni. Test z mniejszą czułością ominąłby te infekcje.
Ale ten problem jest łatwo rozwiązany, powiedziała dr Mina: “Przetestuj ich jeszcze raz, sześć godzin później lub 15 godzin później, czy cokolwiek”, powiedział. Szybki test znalazłby tych pacjentów szybko, nawet gdyby były mniej wrażliwe, ponieważ ich wirusowe ładunki szybko by wzrosły.
Testy PCR nadal mają swoją rolę, powiedział on i inni eksperci. Na przykład, ich wrażliwość jest atutem przy identyfikowaniu nowo zakażonych osób do zapisania się do badań klinicznych leków.
Ale ponieważ w niektórych częściach kraju co najmniej 20 procent osób z pozytywnym wynikiem testu na obecność wirusa, dr Mina i inni badacze kwestionują wykorzystanie testów PCR jako narzędzia diagnostycznego pierwszej linii frontu.
Osoby zakażone wirusem są najbardziej zakaźne od dnia lub dwóch dni przed wystąpieniem objawów do około pięciu dni po ich wystąpieniu. Ale przy obecnym tempie badań, “nie będziesz robił tego wystarczająco często, aby mieć jakąkolwiek szansę na złapanie kogoś w tym oknie”, dodała dr Mina.
Wysoce czułe testy PCR wydawały się być najlepszą opcją do śledzenia koronawirusa na początku pandemii. Ale w obliczu szalejącej obecnie epidemii powiedział, że potrzebne są szybkie, tanie i liczne testy koronawirusowe, które pozwolą na częste testowanie każdego, kto ich potrzebuje – nawet jeśli są one mniej czułe”.
“Może nie złapie każdego z nadających się ludzi, ale na pewno złapie najbardziej nadających się, w tym super rozprzestrzeniających się”, powiedział dr Mina. “To samo w sobie doprowadziłoby epidemię praktycznie do zera.”
Źródło: Your Coronavirus Test Is Positive. Maybe It Shouldn’t Be.
Tłumaczenie: AlterShot.TV