Ponad 30 000 opublikowanych badań może być błędne z powodu zanieczyszczonych komórek – Peter Dockrill

Ponad 30 000 opublikowanych badań może być błędne z powodu zanieczyszczonych komórek – Peter Dockrill

To bardzo, bardzo źle.

Błąd w oprogramowaniu aparatury FMRI może skutkować podważeniem 15 lat badań nad mózgiem
Metoda edycji DNA CRISPR może skutkować setkami niezamierzonych mutacji – Dave Roos

Naukowcy ostrzegają, że duża część badań biomedycznych i publikacji na nich oparta może być nieważna ze względu na kaskadową historię wadliwych danych w systemowej awarii trwającej od dziesięcioleci.

Nowe śledztwo ujawnia, że ponad 30 000 opublikowanych badań naukowych mogło zostać upośledzone przez użycie błędnie zidentyfikowanych linii komórkowych, dzięki tak zwanym nieśmiertelnym komórkom zanieczyszczającym inne kultury badawcze w laboratorium.
Problem jest równie prosty jak poważny: Badacze badający np. raka płuc opublikują nowy artykuł, ale okaże się iż tkanka, którą faktycznie używali w laboratorium była komórkami wątroby. Albo to, co myśleli, że było ludzkimi komórkami, w rzeczywistości było mysimi, albo odwrotnie, lub zupełnie czymś innym.

Jeśli uważasz, że brzmi to źle – masz rację. Odkrycia dotyczące każdego fragmentu dotkniętych tym błędem badań mogą być wadliwe, a nawet całkowicie niewiarygodne.

Jeden z badaczy, Serge Horbach, z Uniwersytetu w Radboud w Holandii wyjaśnia, że
„większość naukowców nie publikuje świadomie swoich wyników na podstawie niewłaściwych komórek”.
“To uczciwy błąd. Większą obawę budzi problem, że dane z badań są potencjalnie nieważne i niemożliwe do odtworzenia.”

 

Horbach i jego współpracownik, Willem Halffman, chcieli się dowiedzieć jak powszechne jest zjawisko błędnie zidentyfikowanych linii komórkowych. Dlatego poszukiwali dowodów na to, co nazywają “zanieczyszczoną” literaturą naukową.

Korzystając z bazy danych badawczych, Web of Science, szukali publikacji naukowych opartych na dowolnej, ze znanych błędnie zidentyfikowanych, linii komórkowych wyszczególnionych w Rejestrze Błędnie Zidentyfikowanych Linii Komórkowych Międzynarodowego Komitetu Uwierzytelniania Linii Komórkowych (ICLAC).

Obecnie na tej liście znajduje się 451 linii komórkowych i nie są one tym czym myślisz, że są. Zostały w przeszłości skażone przez inne rodzaje komórek w pewnym momencie historii. Co gorsza, były one nieświadomie stosowane w publikowanych badaniach laboratoryjnych. I to od lat pięćdziesiątych XX wieku!
“Po obszernym przestudiowaniu literatury uważamy, że dotyczy to około 33.000 publikacji”, wyjaśnia Halffman.
“Oznacza to, że istnieje ponad 30.000 artykułów naukowych online, które powstały na podstawie innych komórek, niż autorzy pierwotnie myśleli, że piszą.”

Z 451 linii komórkowych, o których wiadomo, że są dotknięte skażeniem, najbardziej znanym źródłem zanieczyszczeń jest to, co znamy jako komórki HeLa. Nazwa pochodzi od pierwszych liter kobiety od której je pobrano, nazywała się Henrietta Lacks.

 

Wirusy w szczepionkach – żywe, atenuowane i inaktywowane

W 1951 roku 31-letnia matka piątki dzieci z Wirginii zmarła na raka szyjki macicy. Przed jej śmiercią, podczas biopsji, zostały pobrane komórki z szyjki macicy Henrietty Lacks – bez jej zgody.

Później, biolog komórkowy George Otto Gey odkrył, że komórki te można utrzymać przy życiu i w laboratorium rosną w nieskończoność. HeLa stały się pierwszą nieśmiertelną linią komórkową, co oznacza, że ​​nie umierają z powodu starzenia się komórek.

Ta niezmienna jakość sprawiła, że stały się cenną próbą badawczą, która została rozdystrybuowana po całym świecie, przyczyniając się ostatecznie do rozwoju klonowania komórek, szczepionki przeciw polio i wielu innych.

Szacuje się, że ostatecznie wyhodowanych zostało nawet 20 ton komórek HeLa, w następstwie czego odkryto oszałamiającą liczbę 11.000 patentów. Jednak nieśmiertelna natura tych komórek niosła ze sobą ukryty koszt.

Komórki te ulegają nie tylko proliferacji, ale także mogą zanieczyszczać inne narażone na kontakt hodowle komórkowe w warunkach laboratoryjnych. Szacuje się, że w ciągu dziesięcioleci stosowania i niewłaściwego użytkowania w laboratoriach komórek HeLa i innych nieśmiertelnych zanieczyszczających komórek, skaziły one około 36 % linii komórkowych wykorzystywanych przez naukowców w badaniach naukowych.

 

Przewodnicząca ICLAC, Amanda Capes-Davis, wyjaśniła w 2015 roku podczas Retraction Watch, że „zadziwiające jest to, jak łatwo linie komórkowe można zanieczyścić”.

Kiedy komórki zostaną po raz pierwszy umieszczone w kulturze, zazwyczaj przechodzą okres, podczas którego występuje mały wzrost lub komórki wcale nie rosną do momentu, gdy linia komórkowa wyłoni się. W tym czasie jedna komórka wprowadzona z innego miejsca może przerosnąć pierwotną kulturę i nikt nie będzie zdawał sobie sprawy ze zmiany tożsamości.

Według obliczeń Horbacha i Halffmana przez dziesięciolecia przypadki błędnej tożsamości skaziły około 33.000 prac naukowych i jest to fakt o którym środowisko naukowe wie zbyt mało.
Halffman mówi, że “pracownicy w biomedycznych centrach dystrybucji komórek wiedzą o problemie, ale twierdzą, że nikt ich nie będzie słuchał”.

“Czasem dotyczy to półprywatnych firm, które odmawiają ujawnienia czegokolwiek z obawy przed utratą reputacji lub stratami finansowymi. Jak do tej pory największym czynnikiem jest duma i obawa o nadszarpniętą reputację.”

Kolejną istotną kwestią jest nacisk na publikację. Badacze nie mają wystarczająco dużo pieniędzy lub czasu na sprawdzenie swoich kultur komórkowych przed rozpoczęciem badań.

Oczywiście skłonność do pomijania tej ważnej weryfikacji jest tylko czymś, co pogłębia szerszy kryzys odtwarzalności nękający naukę.

Naukowcy sugerują, że opublikowane badania, podczas których zostały wykorzystane błędnie zidentyfikowane linie komórkowe, mogłyby zostać objaśnione uwagami. Podkreśliłyby wtedy tę kwestię i wskazały, żeby w przyszłych publikacjach wdrożyć systemy, które bardziej przejrzyście sprawdzają źródło linii komórkowych.

Niezależnie od kierunku na jaki zdecyduje się społeczność badawcza, jest to olbrzymi problem do naprawienia, którego nie możemy zignorować.

Autorzy piszą, że “prawie pół wieku po pierwszych obawach dotyczących błędnie zidentyfikowanych linii komórkowych, inicjatywy mające na celu poprawę uwierzytelnienia należy wprowadzić zwracając uwagą na już skażoną literaturę”.

“Nasza analiza wskazuje, że zadanie jest pokaźne i pilne.”

Źródło: Over 30,000 Published Studies Could Be Wrong Due to Contaminated Cells

 

Ponad 30.000 opublikowanych badań może być błędne z powodu zanieczyszczonych komórek

„Choć problemy z błędną identyfikacją linii komórkowych były znane od dziesięcioleci, to nieznana liczba opublikowanych publikacji pozostaje w obiegu, raportuje o nieprawidłowych komórkach bez ostrzeżenia lub korekty. Próbujemy tutaj dokonać ostrożnego oszacowania tej “zanieczyszczonej” literatury. Znaleźliśmy 32.755 artykułów opisujących badania na podstawie błędnie zidentyfikowanych komórek, w konsekwencji cytowanych przez około pół miliona innych publikacji. Zanieczyszczenia literatury nie maleje wraz z upływem czasu i ogranicza się tylko do krajów na peryferiach światowej nauki. Wieloletnie i często sporne próby zapobiegania błędnej identyfikacji linii komórkowych okazały się niewystarczające. Zanieczyszczenie literatury wymaga sprawiedliwego i rozsądnego systemu powiadamiania, ostrzegającego użytkowników i czytelników, aby z należytą uwagą interpretowali te publikacje.” – The ghosts of HeLa: How cell line misidentification contaminates the scientific literature http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0186281

 

Zobacz na: O stronniczości badań i publikacji finansowanych przez przemysł farmaceutyczny
Wywiad z dr Stefanem Lanka o błędach metodologicznych w izolowaniu wirusów
Imitacja Nauki – Sharyl Attkisson – fałszywe badania naukowe
Badania bezpieczeństwa leków – od zaniedbania do oszustwa – John Braithwaite
Bezpieczeństwo szczepień – jak sprawdzane są szczepionki pod kątem bezpieczeństwa?
Ghostwriterzy – Złe leki. Jak firmy farmaceutyczne wprowadzają w błąd lekarzy i krzywdzą pacjentów