Dziwne i niezwykłe cechy genomu wirusa 2019-nCoV i ich analiza – dr James Lyons-Weiler

„COVID-19 pojawił się w mieście Wuhan w Chinach, w grudniu 2019 roku. Mimo że urzędnicy ze służby zdrowia wciąż szukają dokładnego źródła tego nowego koronawirusa, wczesne hipotezy przypuszczały, że może on być powiązany z rynkiem owoców morza w Wuhan w Chinach. Niektórzy ludzie, którzy odwiedzili ten rynek, rozwinęli wirusowe zapalenie płuc wywołane przez nowy koronawirus. Badanie, które ukazało się 24 stycznia 2020 roku [w Lancet] wskazuje, że osoba będąca pierwszym zgłoszonym przypadkiem zachorowała 1 grudnia 2019 roku i nie miała żadnego związku z rynkiem owoców morza. Trwają dochodzenia w sprawie pochodzenia i rozprzestrzeniania się tego wirusa.” –  Johns Hopkins University, How did this new coronavirus spread to humans? https://www.hopkinsmedicine.org/health/conditions-and-diseases/coronavirus

 

 

Kiedy FILOGENETYCY wykorzystują dane sekwencyjne do ustalenia ogólnej zależności filogenetycznej między organizmami wirusów, powstały wzór w postaci drzewa nazywa się drzewem filogenetycznym.

[Filogenetyka – dział biologii zajmujący się badaniem drogi rozwojowej (filogenezą) organizmów. – wiki]

W moim przeglądzie analizy koronawirusa Wuhan 2019-nCoV wyizolowanego od ludzi podkreśliłem brak silnego sygnału filogenetycznego o niskiej wartości „bootstrap” (100 jest najwyższy, mniej niż 80 zwykle uważany jest za oznakę niewystarczających danych lub coś innego, jak rekombinacja.

[Bootstrapping (samopróbkowanie) w kontekście statystycznym odnosi się do wykorzystywania dostępnych danych do wnioskowania o niepewności tych danych. W biologii jest to wykorzystywane w analizie drzew filogenetycznych, które pokazują ewolucję gatunku przedstawiającego wszystkich znanych przodków. Analiza bootstrappingu/samopróbkowania pomaga ocenić siłę kladu, tj. gałęzi drzewa filogenetycznego przedstawiającego gatunek i jego przodków, w celu ustalenia pozycji.]

Wartość bootstrap wynosząca 76 została połączona z wyglądem de novo sekwencji kodującej białko podobne do SARS w wirusie pochodzącym z koronawirusa nietoperza. Przypisałem temu odkryciu duże znaczenie, podobnie jak  powinna zrobić to reszta świata (tj. nie odrzucać, że 2019-nCoV jest produktem rekombinacji.)

Na tej planecie istnieją dwa sposoby rekombinacji wirusów: w naturze, poprzez koinfekcję wspólnym gospodarzem oraz w laboratorium. Oceniłem prawdopodobieństwo tych dwóch wyników dwa dni temu, a artykuł stał się popularny, dzięki wsparciu zespołu Highwire. Niektórzy błędnie zinterpretowali ten artykuł, mówiąc, że wykluczyłem pochodzenie broni biologicznej; choć tego nie zrobiłem. Poziom dowodów potwierdzających przypadkowe uwolnienie z laboratorium typu szczepionkowego lub broni biologicznej lub że eksperyment szczepionkowy wyszedł nie tak jak zakładano, uwrażliwiając ludzi na poważną chorobę i śmierć po kolejnej ekspozycji, są prawie takie same. To co przeważa w stronę programu szczepionkowego to dopasowanie wyników badań nad szczepionkami SARS u zwierząt do profilu objawów i śmiertelności nCoV u ludzi.

Naukowcy umieszczają geny kodujące białko SARS w wirusach od co najmniej 2005 roku. Oto badanie w którym wykorzystano gen białka SARS wstawionego do adenowirusa.

“CEL: Opracowanie wysoce skutecznej metody przygotowywania rozpuszczalnego białka S SARS przy użyciu wektora adenowirusowego w celu umożliwienia badania białka S.

WNIOSEK: Wysoką ekspresję białka S w komórkach HEK293, w której pośredniczy adenowirus, można uzyskać w zoptymalizowanych warunkach ekspresji. Białka posiadają aktywność biologiczną, która stanowi podstawę do dalszych badań funkcji biologicznej białka S.” – World J Gastroenterol. 2006 Mar 7; 12(9): 1452–1457.  – High expression level of soluble SARS spike protein mediated by adenovirus in HEK293 cells
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4124329/

Oto kolejny przykład:

Sublingual immunization with recombinant adenovirus encoding SARS-CoV spike protein induces systemic and mucosal immunity without redirection of the virus to the brain
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3489719/

Umieszczają sekwencje genów białka SARS w wirusach, aby spróbować opracować szczepionki.

Zanim ktokolwiek obwini chińskich badaczy, to jedno badanie pochodzi z Chin, a inne z Korei. Niemieccy naukowcy przeprowadzili podobne badania i jestem pewien, że USA również jak i badacze z całego świata. Oto grupa naukowców w USA wprowadzających białko kolca koronawirusa nietoperza do mysiej wersji SARS.

SARS-like cluster of circulating bat coronavirus pose threat for human emergence
https://europepmc.org/backend/ptpmcrender.fcgi?accid=PMC4797993&blobtype=pdf

Umieszczenie 2019-nCoV w drzewie filogenetycznym zagnieżdżonym w koronawirusach nietoperzy może co niektórych uspokoić przez co będą myśleć, że ​​nastąpiło jedynie zdarzenie pochodzenia odzwierzęcego – przeniesienie wirusa z gospodarza zwierzęcego na człowieka – a zatem ryzyko światowej pandemii z powodu badania dotyczące broni biologicznej lub badań nad szczepionką lub szczepionkowej wersji koronawirusa, który uciekł, jest niski. Ale tak nie jest.

Dziwne i niezwykłe cechy genomu wirusa 2019-nCoV

Nowe badanie z Chin podaje wartości filogenetyczne drzewa bez bootstrapu, a ich wyniki grupują 2019-nCoV w koronawirusach nietoperzy i, co dziwne, koronawirusach SARS.

Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission
http://engine.scichina.com/publisher/scp/journal/SCLS/doi/10.1007/s11427-020-1637-5?slug=supplement

Jest to dziwne, ponieważ wcześniejsze analizy wyraźnie umieszczały 2019-nCoV w koronawirusach nietoperzy, z wyłączeniem koronawirusów SARS. Nowe chińskie badanie wskazuje na koronawirusa nietoperza jako wirusa, dla którego mamy dane najbardziej podobne do 2019-nCoV: HKU9-1.

Spójrzmy więc na sąsiadów na drzewie, HKU9-1, zbieżnych z 2019-nCoV:

Dostosowanie graficzne HKU9-1 do 2019-nCoV z Wuhan, Chiny (wynik IPAK)

Zobacz wykres pokazujący luki. Ogólne luki pokazują również niekompletne/zakłócone dopasowanie.

Wszystko jest podzielone z dużymi lukami brakujących sekwencji. Przeczytaj, jak autorzy artykułu przypisują wiele rund naturalnej rekombinacji „rozmazując” związek:

„Większość wewnętrznych wspólnych sąsiadów i grup zewnętrznych znaleziono u różnych nietoperzy jako naturalnych gospodarzy, np. koronawirusy nietoperzy HKU9-1 i HKU3-1 u nietoperzy z rodzaju rudawiec i koronawirus nietoperzy HKU5-1 u nietoperzy karlik. Tak więc nietoperze będące rodzimym gospodarzem Wuhan CoV byłyby logicznym i wygodnym rozumowaniem, chociaż nadal prawdopodobne jest, że w kaskadzie transmisyjnej od nietoperzy do ludzi istniał pośredni gospodarz (gospodarze). W oparciu o unikalną pozycję filogenetyczną koronowirusów Wuhan, prawdopodobne jest, że dzielą się one z koronawirusami SARS/SARS-podobnymi, wspólnym przodkiem, który przypomina koronawirusa nietoperza HKU9-1. Jednak częste zdarzenia rekombinacji podczas ich ewolucji mogą zatrzeć ich ścieżkę, czego dowodem są łaty wysoce homologicznych sekwencji między ich genomami (ryc. S1B w informacjach dodatkowych).”

Naukowcy spekulują wyłącznie na temat rekombinacji mającej miejsce podczas naturalnych zdarzeń, gdy analizowana sekwencja ma poważne różnice genomowe, częściowo niespójne z najnowszym wspólnym przodkiem 2019-nCoV, jakim jest HKU9-1, w świecie, w którym na 100% wiadomo, że trwają prace nad szczepionkami podczas których wykorzystuje się rekombinację laboratoryjną wirusów.

Możemy z całą pewnością powiedzieć, że 2019-nCoV ma co najmniej dwóch przodków: pochodzenie całego genomu jak i białko kolcowe  SARS.

Odrzucam pomysły dotyczące dzikiej rekombinacji, ponieważ selekcja naturalna prawdopodobnie pozbyła by się pojedynczych zwierząt, gdyby rekombinacja nastąpiła w naturze z powodu wysokiej śmiertelności. Rekombinacja na wolności jest więc czysto spekulacyjna.

Wygląda mi to na próbę opracowania szczepionki.

Raport dotyczący czterech dodatkowych sekwencji wprowadzonych do białka kolcowego, które na poziomie aminokwasowym są krótkimi sekwencjami, ale na poziomie nukleotydów są skojarzone, prawdopodobnie nie przez przypadek, co wskazuje bardziej na broń biologiczną.

Wartości oczekiwane dla dopasowania z sekwencją HIV nie są istotne. Istnieje wiele innych dopasowań z sekwencjami innymi niż HIV. Obecność wszystkich czterech sekwencji, zdolność patogenetyczna tych dodatkowych nowych sekwencji jest nieznana, choć interesująca dla niektórych, ale większość tych, którzy rozumieją analizę sekwencji, przypisuje ich dopasowanie przypadkowi.

Więc pytanie kto lub co umieścił sekwencję glikoprotein [kolców] SARS w 2019-nCoV pozostaje tajemnicą. W związku z tym wszystkie koronawirusy we wszystkich laboratoriach w Chinach i na całym świecie powinny być sekwencjonowane, a w imię przejrzystości powinny zostać opublikowane, abyśmy wszyscy mogli ustalić najbardziej prawdopodobne pochodzenie. Wszystko, co skupia się na pochodzeniu wirusa 2019-nCoV, powinno uwzględniać pochodzenie laboratoryjne jako wiodącą hipotezę.

Ciąg dalszy:
Moderately Strong Confirmation of a Laboratory Origin of 2019-nCoV

Źródło: On the Oddities and Unusual Characteristics of the 2019-nCoV Virus Genomes and Their Analyses

Rynek owoców morza w Wuhan może nie być źródłem nowego wirusa rozprzestrzeniającego się na całym świecie – Jon Cohen

26 stycznia 2020

 

Po tym jak potwierdzono przypadki nowego wirusa rozprzestrzeniającego się na całym świecie z niepokojącą prędkością, wszystkie oczy do tej pory skupiały się na rynku owoców morza w Wuhan w Chinach, jako źródła wybuchu epidemii. Ale opis pierwszych przypadków klinicznych opublikowanych w The Lancet 24 stycznia kwestionuje tę hipotezę.

Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30183-5/fulltext

Artykuł, napisany przez dużą grupę chińskich naukowców z kilku instytucji, zawiera szczegółowe informacje na temat pierwszych 41 hospitalizowanych pacjentów, u których potwierdzono zakażenie tym, co nazwano nowym koronawirusem z 2019 roku (2019-nCoV). Najwcześniejszy przypadek, to pacjent który zachorował 1 grudnia 2019 roku i nie miał żadnego powiązania z rynkiem owoców morza, jak podają autorzy publikacji. „Nie znaleziono powiązania epidemiologicznego między pierwszym pacjentem a późniejszymi przypadkami” – twierdzą. Ich dane pokazują również, że łącznie 13 z 41 przypadków nie miało żadnego związku z tym rynkiem. „To duża liczba, 13, bez żadnego powiązania”, mówi Daniel Lucey, specjalista od chorób zakaźnych na Georgetown University.

Wcześniejsze raporty chińskich władz ds. zdrowia i Światowej Organizacji Zdrowia   informowały, że pierwszy pacjent miał objawy w dniu 8 grudnia 2019 roku, a raporty te po prostu stwierdzały, że „większość” przypadków miała powiązania z rynkiem owoców morza, który został zamknięty 1 stycznia.

Daniel Lucey mówi, że jeśli nowe dane są dokładne, pierwsze infekcje u ludzi musiały wystąpić w listopadzie 2019 roku – jeśli nie wcześniej – ponieważ istnieje czas inkubacji między infekcją a pojawieniem się objawów. Jeśli tak, wirus prawdopodobnie rozprzestrzenia się w ciszy między ludźmi w Wuhan – i być może gdzie indziej – zanim pod koniec grudnia odkryto skupisko zachorowań z niesławnego teraz hurtowego targu owoców morza Huanan. „Wirus pojawił się na tym rynku, zanim wyszedł z tego rynku”, zapewnia Lucey.

Daniel Lucey mówi także, że dane z czasopisma Lancet budzą pytania o dokładność wstępnych informacji dostarczonych przez Chiny. Na początku wybuchu głównym oficjalnym źródłem informacji publicznej były zawiadomienia Miejskiej Komisji Zdrowia Wuhan. W doniesieniach z 11 stycznia odnoszono się do 41 pacjentów jako jedynych potwierdzonych przypadków, a liczba ta pozostała taka sama do 18 stycznia. W tych zawiadomieniach nie wskazano, że źródłem jest rynek owoców morza, ale wielokrotnie stwierdzali, że nie ma dowodów na przenoszenie się z człowieka na człowieka i że większość przypadków jest powiązana z rynkiem. Dziwne i niezwykłe cechy genomu wirusa 2019-nCoV.

Ponieważ Miejska Komisja Zdrowia Wuhan zauważyła, że ​​testy diagnostyczne potwierdziły te 41 przypadków do 10 stycznia, a urzędnicy prawdopodobnie znali historię przypadków każdego pacjenta, „Chiny musiały zdać sobie sprawę, że epidemia nie powstała na tym rynku owoców morza w Wuhan Huanan”, powiedział D. Lucey dla ScienceInsider.

Kristian Andersen, biolog ewolucyjny w Scripps Research Institute, który przeanalizował sekwencje 2019-nCoV, aby spróbować wyjaśnić jego pochodzenie, mówi, że data 1 grudnia pierwszego potwierdzonego przypadku była „ciekawą ciekawostką” w gazecie The Lancet. „Scenariusz, że ktoś został zarażony poza rynkiem, a następnie przyprowadził chorobę na rynek, jest jednym z trzech rozważanych przez nas scenariuszy, który jest nadal zgodny z danymi” – mówi. „Jest to całkowicie prawdopodobne, biorąc pod uwagę nasze aktualne dane i wiedzę.” Pozostałe dwa scenariusze są takie, że źródłem była grupa zarażonych zwierząt lub jedno zwierzę, które pojawiło się na tym rynku.

25 stycznia Kristian Andersen opublikował swoją analizę 27 dostępnych genomów 2019-nCoV na stronie internetowej poświęconej badaniom wirusologicznym. Dane sugerują to, że mieli „najnowszego wspólnego przodka” – czyli wspólne źródło – już 1 października 2019 roku.

Bin Cao z Capital Medical University, autor artykułu w The Lancet odpowiedzialny za korespondencję i specjalista od płuc, napisał w e-mailu do ScienceInsider, że on i jego współautorzy „doceniają krytykę” Daniela Lucey. Napisał, że:

„Teraz wydaje się jasnym, że rynek owoców morza nie jest jedynym źródłem wirusa. Ale szczerze mówiąc, nadal nie wiemy, skąd pochodzi wirus.”

Daniel Lucey zauważa, że ​​odkrycie koronawirusa, który powoduje bliskowschodni zespół niewydolności oddechowej, czasami śmiertelną chorobę, która występuje sporadycznie, pojawił się u  pacjenta w Arabii Saudyjskiej w czerwcu 2012 roku, chociaż późniejsze badania wyśledziły go we wcześniejszym wybuchu szpitalnego niewyjaśnionego zapalenia płuc w Jordanii w kwietniu 2012 roku. Przechowywane próbki od dwóch osób, które zmarły w Jordanii, potwierdziły, że zostały zarażone wirusem. Sugeruje, że retrospektywne analizy próbek krwi od ludzi i zwierząt w Chinach, w tym od sprzedawców z innych rynków zwierząt, mogą ujawnić jasny obraz tego, skąd się wziął 2019-nCoV. „Może istnieć wyraźny sygnał wśród hałasu” – mówi.

Źródło: Wuhan seafood market may not be source of novel virus spreading globally

 

Zobacz na: Wytworzony w laboratorium koronawirus wywołał debatę – Jef Akst [2015]
Krajowe Laboratorium Bezpieczeństwa Biologicznego w Wuhan
Koronawirus 2019-nCoV w Chinach – Spójrzmy na to z szerszej perspektywy.
Naukowcy wznawiają wysiłki w celu stworzenia śmiertelnego wirusa grypy, z błogosławieństwem rządu USA – dr Steven Salzberg